Unidade de Emergência do Complexo do Alemão (2007)
Desde outubro de 2007, MSF implantou uma Unidade de Emergência na comunidade da Fazendinha, no centro do Complexo do Alemão, Rio de Janeiro.

Além de atendimento de emergência, são oferecidos cuidados de saúde mental, transferências para hospitais e orientação sobre a rede pública de saúde do município.

O principal objetivo da Unidade de Emergência de MSF é reduzir o tempo entre trauma e atendimento médico.

Oficinas de Capacitação em Gestão de Risco (2006)
Em maio de 2006, MSF inicia, em parceira com a prefeitura do Rio de Janeiro, Oficinas de Capacitação em Gestão de Risco para equipes do Programa de Saúde da Família, que atuam em áreas de vulnerabilidade social na cidade.

Até agora, mais de 700 médicos, enfermeiros e agentes comunitários de saúde receberam treinamento de profissionais de MSF, com recomendações sobre como agir diante das situações de violência nas áreas onde trabalham. A tarefa dos participantes é não só ouvir e trocar experiências, mas também apresentar propostas para a elaboração de um guia de segurança.

Centro de Atenção Integral à Saúde de Marcílio Dias (2003-2005)
Em 2003, MSF implantou um Centro de Saúde na comunidade de Marcílio Dias, localizada no Complexo da Maré, Rio de Janeiro, e, ao longo de quase três anos, ofereceu cuidados de saúde e psicossocial aos moradores desta comunidade.

Em 2005, o Centro de Saúde de Marcílio Dias passou a ser gerido pela ONG Movimento de Gestão Comunitária (MOGEC), com verbas da Secretaria Municipal de Saúde.

Projeto Meio-fio (2000-2004)
Em 2000, MSF inicia o projeto Meio-fio, para oferecer assistência médica, social e psicológica a moradores de rua do centro do Rio de Janeiro e estimular a organização destas pessoas.

O projeto Meio-fio, que contava com uma equipe multidisciplinar - formada por médicos, enfermeiros, psicólogos, assistentes sociais e educadores - identificava nas ruas as necessidades desta população para encaminhá-la aos serviços públicos existentes. O projeto Meio-fio também desenvolveu atividades no sentido de reduzir o preconceito tanto da sociedade quanto dos profissionais públicos de saúde em relação a esta parcela da população.

Vale do Jequitinhonha (2002)
Em 2002, MSF intervém, em caráter emergencial, no Vale do Jequitinhonha, após a maior enchente dos últimos anos na região. Nas cidades de Rubim e Jacinto, MSF prestou cuidados de saúde e atendimento psicológico à população desabrigada, além de ter-lhes distribuído 390 kits de higiene.

Barra Mansa e Resende (2000)
Em 2000, após enchentes nas cidades de Barra Mansa e Resende, no interior do Rio de Janeiro, Médicos Sem Fronteiras (MSF) foi solicitada pela Secretaria de Estado de Ação Social para estudar o que a organização poderia fazer para apoiar o trabalho de assistência à população desabrigada. MSF visitou a população e os locais atingidos pelas inundações e criou uma proposta de trabalho para levar conhecimentos técnicos e organizacionais específicos para enfrentar situações de emergência.

Médicos Solidários (1998-2001)
MSF constitui uma rede de médicos voluntários que se preocupam com a questão da exclusão social e oferecem atendimento gratuito à população excluída. O trabalho é feito através de uma central de atendimento, que encaminha os pacientes aos médicos cadastrados. Há também um acompanhamento das instituições beneficiadas.

Em 2001, ocorre a fundação da ONG Médicos Solidários.

Unidade Municipal de Assistência Médica Primária de Costa Barros (1998-2001)
MSF inicia trabalho conjunto com a Prefeitura do Rio de Janeiro para revitalizar a Unidade Municipal de Assistência Médica Primária (UMAMP) de Costa Barros, referência do Programa de Saúde da Família de Portus. O projeto engloba atendimento básico de saúde à população local, programas direcionados a adultos, mulheres, crianças e adolescentes.

Em 2001, este projeto foi repassado para a ONG Campo.

Núcleo Comunitário, Social e de Saúde de Portus (1998-2001)
Em 1998, MSF cria o Núcleo Comunitário, Social e de Saúde na comunidade de Portus, onde passa a desenvolver o Programa de Saúde da Família, com atividades de saúde preventiva, atendimento básico de saúde, assistência social, programas direcionados a adolescentes, gestantes e idosos e referência para o sistema público de saúde.

Em 2001, este projeto é repassado para a ONG Campo.

I e II Projetos de Capacitação de Gestores Comunitários (1997-2001)
Os I e II Projetos de Capacitação de Gestores Comunitários (CGC I e II) contaram com a participação de 54 alunos de 13 comunidades do Rio de Janeiro. A partir do curso, foram formadas 6 organizações comunitárias, que passaram a desenvolver projetos beneficiando moradores das suas comunidades.

Programa Local de Prevenção a DST/Aids (1996-2001)
Em 1996, MSF cria o Programa Local de Prevenção a DST/Aids, através da implantação de bancos de preservativos e atividades educativas de prevenção em comunidades carentes do Rio, em parceria com associações de moradores.

Em 2001, há o repasse deste projeto para a Coordenação Municipal de DST/Aids e a criação do Fórum Comunitário de Prevenção.

Dentemania (1998-1999)
Desenvolvimento do jogo de saúde bucal Dentemania. Trabalho realizado com crianças de rua e de comunidades carentes, para ensinar, de maneira lúdica, como manter a higiene bucal. O jogo foi também distribuído gratuitamente a escolas municipais de ensino fundamental.

Vigário Geral (1995-1998)
Em 1995, MSF instala um Posto de Saúde para atendimento básico de saúde no Parque Proletário de Vigário Geral.

Em 1997, inicia-se a capacitação de pessoas da comunidade para gestão de projetos e para a formação de uma ONG comunitária, o Movimento de Gestão Comunitária (MOGEC). Em 1998, o MOGEC passou a gerir o Posto de Saúde, com verbas da Secretaria Municipal de Saúde.

Amazônia (1991-2002)
Em 1991, Médicos Sem Fronteiras inicia sua primeira intervenção no Brasil no combate a uma epidemia de cólera na Amazônia, em parceria com o Ministério da Saúde. Depois que a epidemia foi controlada, MSF passou a desenvolver um trabalho de saúde preventiva com tribos indígenas, impulsionada pelo alto índice de mortalidade e morbidade provocadas principalmente pela malária. Este trabalho se encerrou em 2002, quando foi repassado para Organizações Não Governamentais Indígenas e Distritos Sanitários Especiais Indígenas.