Ao longo das últimas décadas, MSF também tem combatido epidemias devastadoras como o HIV/Aids e a tuberculose, além de doenças negligenciadas, como leishmaniose, doença do sono e Chagas – males que afetam, em sua maioria, os mais pobres e para os quais há poucas opções efetivas de tratamento.

A organização se preocupa em oferecer os melhores cuidados médicos possíveis aos seus pacientes. Por meio da Campanha de Acesso a Medicamentos Essenciais (CAME), MSF pressiona por mais pesquisas voltadas para novos medicamentos para doenças negligenciadas e pelo acesso a eles, assim como a testes para diagnósticos e vacinas.

MSF também chama a atenção para as necessidades dos soropositivos, aperfeiçoando tratamentos e diagnósticos para a tuberculose, doença que mais mata portadores do vírus HIV.

Em 1999, MSF cofundou a Iniciativa de Medicamentos para Doenças Negligenciadas (DNDi, ou Drugs for Neglected Diseases initiative, no original em inglês), envolvendo pesquisadores, médicos e companhias farmacêuticas na busca por alternativas para o desenvolvimento de medicamentos. O estímulo à pesquisa e aos estudos é a prioridade da DNDi. Em 2007, a iniciativa foi responsável pela formulação do ASAQ, medicamento bastante eficaz no tratamento contra a malária.