A primeira equipe de Médicos Sem Fronteiras (MSF) chegou ao Brasil em 1991, para combater uma epidemia de cólera entre o Amazonas e a Colômbia. Com o aumento dramático de casos de malária no estado de Roraima, principalmente entre as populações indígenas, nas terras dos índios Yanomami, Médicos Sem Fronteiras foi convidada a desenvolver um projeto de longo prazo na área em saúde preventiva. Em 1994, a equipe estendeu suas atividades a outros grupos, atendendo também algumas populações do noroeste do estado do Amazonas como os Macuxi, Wapixana, Ingariko, Tuarepang, Patamona e Wai-wai.

Em 1997, um novo projeto foi iniciado nas terras dos Yanomami, onde MSF instalou um sistema básico de saúde funcional para as populações indígenas, que passou a ser administrado pelos próprios índios.

Na região do Vale do Javari, as equipes desenvolveram a formação de Agentes Indígenas de Saúde (AIS) e Microscopistas Indígenas de Malária (MIM) entre as etnias Matis, Kanamary, Marubo, Maioruna e Culina.

Em 1999, Médicos Sem Fronteiras iniciou mais um trabalho em Tefé, que atingiu as etnias Miranha, Kanamary, Kambeba, Kokama, Maku, Ticuna, Deni, Madija-Kulina, Mayuruna e Katukina. O trabalho, em parceria com a FUNASA (Fundação Nacional de Saúde) e a Uni-Tefé (União das Nações Indígenas de Tefé), ajudou a suprir a carência de um trabalho de saúde preventiva entre as populações indígenas, normalmente mais suscetíveis a qualquer forma de doença e infecção. Os maiores desafios foram combater a malária, a tuberculose, infecções respiratórias e diarréias, respeitando e promovendo a saúde tradicional dos índios.

No final de 1999, o governo brasileiro criou os Distritos Sanitários Especiais Indígenas (DSEI) para oferecer aos indígenas atendimento médico e de enfermagem, vacinação, saúde bucal, prevenção de doenças sexualmente transmissíveis, educação em saúde e encaminhamento aos hospitais mais próximos. A partir desta iniciativa, Médicos Sem Fronteiras passou a trabalhar com o governo na estruturação dos DSEIs durante dois anos. Com a implementação dos DSEIs, MSF finalizou suas atividades planejadas e decidiu, após 10 anos, terminar suas ações na região, uma vez que os povos indígenas atendidos por MSF já tinham acesso a cuidados básicos de saúde.